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La facciata interna è occupata dal mausoleo dei Mocenigo. Nel mezzo vi è ilmonumento al doge Alvise I Mocenigo († 1577) e alla moglie Loredana Marcello. Sei pilastri scanalati, di ordine corinzio, ripartiscono lo spazio in cinque parti. Nella centrale, alla sommità dell’arco della porta, è visibile lo stemma gentilizio. Nelle due partizioni inferiori esterne due statue: S. Pietro e S. Giorgio, un tempo nel vicino monumento a Pietro Mocenigo. Nelle partizioni interne le due finestre sono sovrastate da due bassorilievi raffiguranti il Doge orante e Udienza dogale, attribuiti a Girolamo Campagna (fine sec. XVI).
Nei riquadri dell’ordine superiore: a sinistra, distesa su un cataletto di marmo grigio la figura del doge; a destra l’effigie della dogaressa. Tra i due sarcofaghi, le statue della Vergine, del Redentore e di S. Marco. L’opera in pietra d’Istria, classicheggiante, venne iniziata da Girolamo Grapiglia nel 1580 e ultimata da Francesco Contin nel 1646.
Sulla destra, in basso, troviamo il monumento al poeta Bartolomeo Bragadin(† 1507). È un elegante urna lombardesca, coi santi Marco, Giovanni Battista, Bartolomeo, e al vertice la Madonna col Bambino. È attribuita a Lorenzo Bregno († 1523).
A destra, vi è il monumento al doge Giovanni Mocenigo († 1485), scolpito in marmo di Carrara da Tullio Lombardo. In alto, due stemmi di famiglia. Dietro alla figura del doge giacente, un bassorilievo: Giovanni Mocenigo presentato da S. Giovanni Battista alla Madonna, mentre un angelo porge a S. Teodoro la corona ducale. Sul frontale dell’urna tre bassorilievi, raffiguranti le conquistate città del Polesine.
Ai lati dell’urna sepolcrale le due Virtù e nel basamento due bassorilievi: il Battesimo di Gesù e S. Marco che battezza S. Aniano, la moglie e il figlioletto. Nella stessa parete, a sinistra, troviamo il monumento al doge Pietro Mocenigo († 1476), capolavoro di Pietro Lombardo, terminato nel 1481. Ricorda il doge soprattutto come grande capitano dell’armata veneziana. Dall’alto in basso: il Redentore fra due angeli; bassorilievo raffigurante le tre Marie al sepolcro. Racchiusa da un magnifico arco, l’urna sepolcrale poggiata sulle spalle di tre guerrieri, raffiguranti le tre età dell’uomo e, sopra di essa, il doge, ritto in piedi, maestoso e pieno di energia, con l’armatura di ferro sotto il mantello generalizio. Al suo fianco due putti col bastone generalizio e lo scudo con lo stemma dei Mocenigo. Sul frontespizio dell’urna due bassorilievi ricordano le imprese principali del defunto: a sinistra Entrata a Scutari; a destra Consegna delle chiavi di Famagosta a Caterina Cornaro. Ai lati in sei nicchie, guerrieri vestiti alla romana fanno guardia d’onore. Sul basamento, Trofei bellici e due Fatiche d’Ercole. È il più eroico dei monumenti dogali e la scritta “ex hostium manubiis” ricorda che fu eretto con le spoglie del nemico asiatico. Procedendo verso l’uscita, sul pavimento tre grandi lapidi, ove, oltre ad altri personaggi della famiglia Mocenigo, sono sepolti i dogi Alvise I († 1577), Alvise III Sebastiano († 1732) e Alvise IV Giovanni († 1778).