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Il tempio fu dedicato, forse per volere del donatore, il doge Jacopo Tiepolo, ai due Santi fratelli Giovanni e Paolo (Zanipolo per i veneziani) martiri a Roma nel IV secolo. La chiesa duecentesca fu presto finita. Ma l’importanza del tempo, subito scelto a sepoltura da molti dogi, e lo sviluppo sempre crescente dell’azione dei frati domenicani, imposero un ampliamento. All’inizio del XIV secolo fu intrapresa la costruzione delle solenni arcate; l’opera era diretta dai domenicani Fra Benvenuto da Bologna e Fra Nicolò da Imola. Dal 1333 al 1344 la repubblica accorda elargizioni annuali; nel 1343 vengono concesse pietre lavorate al Palazzo Ducale. I lavori furono interrotti nel 1345 e ripresi nel 1355.
Una iscrizione incisa direttamente sui macigni nell’ultima arcata di sinistra, vicina all’organo, attesta che nel 1368 erano completate le tre navate. Nel 1390 i Procuratori di S. Marco destinarono 10.000 ducati del lascito di Nicolò Lion per fabbricare la chiesa di S. Zanipolo e la Cappella di S. Domenico. Detta cappella fu eretta nel 1395 nel luogo dove probabilmente sorgeva l’oratorio di S. Daniele, e che ora è occupato dalla Cappella del Rosario.
All’inizio del XV secolo furono nominati procuratori di S. Zanipolo alcuni patrizi veneziani per assicurarne l’ultimazione ed un continuo abbellimento. Infine, a quasi due secoli dalla fondazione, il 14 novembre 1430, la chiesa fu consacrata dal domenicano Antonio Correr, vescovo di Ceneda, nobile veneziano e nipote di Papa Gregorio XII.
Verso la metà del XV secolo, fu eretto il Coro, poi demolito (1682) per ottenere maggior spazio per le solenni funzioni cittadine. Nel 1458 si fonda la Scuola per la devozione dei santi domenicani Pietro martire da Verona, Vincenzo Ferreri e Caterina da Siena. Nel 1573 si erige la Scuola del S. Rosario, che nel 1582 ha la sua sede nella Cappella di S. Domenico.
1806
Dopo circa sei secoli (1806), i domenicani vengono allontanati dalla loro gloriosa sede. Il convento è trasformato in ospedale, dapprima militare e poi civile. Nel 1810 nasce la Parrocchia dei SS. Giovanni e Paolo che viene affidata ai domenicani superstiti. Purtroppo, il breve periodo della loro assenza è stato sufficiente per il trafugamento di numerose opere d’arte.
Nella notte fra il 15 e il 16 agosto del 1867 un incendio distrugge la Cappella del Rosario incenerendo circa 34 tele, alcune delle quali sommi capolavori. All’inizio del XX secolo si intraprende un restauro completo del tempio. Le bombe della prima guerra mondiale colpiscono la Basilica, ma nulla di essenziale è distrutto e l’opera di ripristino si completerà nel 1922. Più lento sarà il restauro della Cappella del Rosario, che si concluderà nell’ottobre del 1959.
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